Menepi dari dunia militer yang membesarkan namanya, Letjen TNI (Purn) Sintong Panjaitan menjadi penasehat kepercayaan Bachruddin Jusuf (BJ) Habibie. Sintong Panjaitan dilantik pada 25 Maret 1994 sebagai Staf Ahli Menristek/Kepala BPPT/Ketua BPIS dalam pengembangan teknologi senjata, sistem senjata dan prasarana Hankam.
Sejak saat itu, ia menjadi orang kepercayaan Habibie, termasuk menjadi Penasehat Bidang Pertahanan Keamanan, saat Habibie menjabat Wakil Presiden dan belakangan Presiden ketiga Indonesia. Habibie yang awam dunia militer, sangat terbantu dengan kehadiran Sintong sebagai penasehatnya. Sebagai prajurit sejati, prajurit Komando, Sintong memegang prinsip selalu siap pasang badan untuk presiden, sebagai panglima tertinggi.
"Tentara itu harus berani pasang badan untuk melindungi dan menjunjung tinggi presiden sebagai panglima tertinggi ABRI (TNI). Kekuatan tentara terletak pada sistem hierarki, prosedur tetap dan komando pengendalian dalam satu bahasa," kata Sintong dalam buku 'Perjalanan Seorang Prajurit Para Komando'.
Ujian keteguhannya ini pertama kali datang saat dua juniornya, Kas Kostrad Mayjen TNI Kivlan Zein dan Danjen Kopassus Mayjen TNI Muchdi Pr, ingin menghadap Presiden Habibie. Kedatangan keduanya bermaksud untuk menyampaikan surat usulan pemisahan jabatan Menteri Pertahanan Keamanan dan Panglima ABRI.
Juga usulan Jenderal TNI Wiranto menjadi Menteri Pertahanan Keamanan, Jenderal TNI Subagyo HS menjadi Panglima ABRI dan Letjen TNI Prabowo Subianto menjadi Kepala Staf TNI AD (KSAD). Ajudan Habibie pun menghubungi Sintong untuk menerima kedua juniornya tersebut, atas perintah Habibie.
Sintong pun menemui keduanya dan menerima surat yang dibawa. Meski Habibie pada akhirnya sempat menemui dan membaca surat yang dibawa Kivlan dan Muchdi, usulan keduanya tidak pernah terealisasi. Wiranto pun tetap menjadi Menhankam/Pangab, Subagyo tetap menjabat sebagai KSAD dan Prabowo menjadi Komandan Sesko TNI.
Tak kalah penting, Sintong juga berada di sisi Habibie, saat Prabowo Subianto mengeluhkan pencopotannya sebagai Panglima Kostrad. Setelah pagi harinya menerima Kivlan dan Muchdi, siangnya ia 'kedatangan Prabowo dan 12 pengawalnya di Istana Negara.
Kendati akhirnya berhasil mendinginkan suasana ketegangan, lantaran Prabowo bermaksud menanyakan pencopotannya sebagai Pangkostrad. Sintong kaget dengan kehadiran Prabowo di Istana Negara. Sebab, pukul 15.00 WIB hari itu harusnya Prabowo melakukan serah terima jabatan Pangkostrad.
"Kalau KSAD (Jenderal TNI Subagyo HS) tidak melaksanakan penggantian Prabowo sesuai dengan perintah (Presiden Habibie), kalian jadi satu paket (diganti," ujar Komandan Jenderal ke-10 Kopassus ini kepada KSAD seperti ditulis dalam buku.
Sempat diwarnai dengan 'keengganan' Prabowo menyerahkan patakan Kostrad kepada Mayjen TNI Jhonny Lumintang yang ditunjuk sebagai penggantinya, dan memilih menyerahkan pataka kepada KSAD. Kisah ini berakhir dengan Mayjen Jhonnya yang hanya tak sampai 24 jam 'menjadi' Pangkostrad, serta pengangkatan Mayjen TNI Djamari Chaniago sebagai Pangkostrad.
Epik berikutnya Sintong 'pasang badan' dilakukan saat ia menegur Komandan Paspampres Mayjen TNI Endriartono Sutarto. Pasalnya, selama dua bulan pertama Habibie menjabat sebagai Presiden Indonesia, Sintong mendapat laporan Soeharto masih sering berbincang hingga latihan menembak di markas Paspampres.
Sintong menilai ini tidak wajar, karena Presiden dijabat oleh Habibie. Menurutnya, ini bisa menjadi preseden buruk bagi Soeharto dan Paspampres. Ia pun menegur Endriartono.
