Presiden ketiga RI Bacharuddin Jusuf Habibie menjadi presiden pertama yang dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta Selatan. Pemakaman BJ Habibie sendiri dilakukan pada Kamis siang pukul 14.00 WIB.
BJ Habibie dimakamkan di kavling slot 120, tepat di sebelah slot makam Ibu Negara Ainun Besari. "Kami juga sudah koordinasi dengan garnisun, sudah disiapkan slot tempat pemakaman di sebelahnya almarhumah ibu Ainun Habibie, jadi seingat saya di slot 120 dan 121," ujar Menteri Sekretaris Negara Pratikno.
Upacara pemakaman dipimpin oleh Presiden Joko Widodo sebagai inspektur upacara. Berbeda halnya dengan pemakaman Presiden RI sebelumnya yakni almarhum Soekarno, Soeharto dan Abdurrahman Wahid atau Gus Dur yang tidak dimakamkan di TMP Kalibata.
Ketiga presiden tersebut dimakamkan di tempat kelahiran maupun di tempat keluarganya masing-masing.
Presiden RI ke-1 Soekarno yang meninggal pada 21 Juni 1970 dimakamkan di sebuah kawasan di Kelurahan Bendogerit, Kecamatan Sanawetan, Blitar, Jawa Timur.
Kemudian Presiden RI ke-2 Soeharto dimakamkan di Astana Giribangun tepatnya di lereng Gunung Lawu, Karanganyar, Solo, Jawa Tengah. Soeharto yang tutup usia pada 27 Januari 2008 dimakamkan bersama almarhumah istrinya, Tien Soeharto dan kedua orangtua Tien.
Setahun setelahnya, Presiden RI ke-4 Gus Dur yang meninggal dunia pada tanggal 30 Desember 2009, dikebumikan di kompleks Pesantren Tebuireng, Jombang, Jawa Timur.
